超人的な頭脳と豊富な知識、強い探求心を持つ根っからの科学少年。文明の途絶えた石の世界（ストーンワールド）に科学の力でゼロから文明を取り戻そうとする。クールで合理的な考え方をする反面、熱く仲間を思う気持ちは強い。コハクたちの村の長となり「科学王国」を立ち上げる。
口癖は「唆るぜ、これは」

千空と幼馴染の高校生。実直で友達思いの優しい性格。けた外れの頑丈さと単純さで千空を支える。争いを好まないため人を攻撃する事は苦手。幼馴染の杠にずっと想いを寄せている。石化からの復活後、千空と別れ、杠と共に「司帝国」にスパイとして潜入していた。

大樹がずっと想いを寄せている高校生。千空、大樹とは幼馴染。手芸部所属で、手先が超絶器用。石化した鳥を心配して動物病院に連れて行くなど、優しい心の持ち主。石化からの復活後、千空と別れ、大樹と共に「司帝国」にスパイとして潜入し、スパイと同時に千空からあるミッションを託されていた。

金髪碧眼の少女。軽い身のこなしと高い経験値で男にも引けを取らない武力の持ち主。古風な話し方をする。千空の生き様を気に入り、サルファ剤で姉のルリが病気を克服したのちも「科学王国」の仲間として千空に力を貸す。

好奇心旺盛で賢く、まっすぐな性格。ルリの病を治そうと様々な素材を収集していた。千空と出会い科学に魅せられて、共に科学を極めんと突き進む「科学王国」の仲間。柔軟な発想の持ち主で、時に千空を驚かせる科学使い。

弟の銀狼と一緒に、村の門番をしている。真面目でルールに厳格な性格だが、情に厚い一面も持つ。戦闘力も高い。「科学王国」のバトルチームで戦いに備え、日々鍛錬を行っている。

兄の金狼と共に村の門番をしている。臆病で現金でゲスな性格だが、本来は根は悪い人間ではない様子。「科学王国」のバトルチームで戦いに備え、日々鍛錬を行っている。

普段はスイカの被り物をしている女の子。子供ながら、常にみんなの役に立ちたいと思っており、一生懸命な性格。ボヤボヤ病＝ド近眼がコンプレックスだったが、レンズによって克服。小さな体を活かした偵察・潜入行動が得意。

大柄な体格で村一番の力自慢。目的のためには容赦のない性格で、千空が村長になった後も村長の座を狙い続けている。「科学王国」ではバトルチームとして、自慢のパワーで採掘や実験の力仕事などに貢献している。

マグマの腰巾着でマグマに付き従っている。 御前試合ではマグマが有利になるように悪知恵を働かせるなど、狡猾な性格。マグマが御前試合に負けた後も、マグマの手助けを続けている。戦闘力はクロムと同程度。

50年モノ作り一筋に打ち込んできた村一番の凄ウデの職人。高い工作能力と屈強な肉体を持ち、難しいクラフトも一手に担う「科学王国」における物づくりの中心的存在。興奮すると体がムキムキに膨らみ、服が弾け飛ぶ。

コハクの姉で村の巫女。幼い頃から病弱で重い病気＝肺炎を患っていたが千空達の作ったサルファ剤により完治。その後、巫女が代々伝承する「百物語」の継承者。妹思いの優しい性格。

ルリとコハクの父親。御前試合で優勝し、ルリの病を治療してみせた千空を村長として認める。科学には不慣れだが、「科学王国」バトルチームの戦力の一人。

ターコイズと共にコクヨウの側近を務める。御前試合では不正を見逃さない厳格な審判を行う。ターコイズに比べて融通の効く性格で、優しい一面も。

司によって石化から復活したマジシャン兼メンタリスト。ペラッペラな軽い口調で飄々と話し、類稀な話術で相手を翻弄する。声帯模写も得意。司のスパイとして村に現れるが、次第に千空の文明を築く力に惹かれ、科学王国の仲間になる。

霊長類最強の高校生。素手でライオンを倒す脅威の武力を持つ男。常に冷静で理知的。純粋な若者だけで、既得権益のない理想の世界を作るべきだと考えている。石化復活液を手に入れたのち、自ら選んだ若者だけを甦らせて「司帝国」を築き、千空率いる「科学王国」と対立することとなった。

司・氷月と共に司帝国の3トップに数えられるほどの実力者の弓使い。石化前は自衛官で潜水艦のソナーマンだった。弓の腕と聴力を見込まれ、司帝国では主に見張りなどを担当していた。

司帝国の住人。石化前は、柔道選手だった。本名は花田仁姫（はなだにき）で、「ニッキー」は柔道部の後輩達からのあだ名。大樹と杠を監視していた。

司帝国の四天王を自称する元警察官。石化前は警察の格闘技である逮捕術、警棒部門の優勝者。良くも悪くも物事を後に引きずらない。犯罪者は裁判なんてせず、全員その場でブチのめせばいいと思っている。

司によって石化から復活した槍使いで司帝国の実質的ナンバーツー。管槍という特殊な槍を操り、司に匹敵する圧倒的な武力を誇る。目的のためには手段を選ばない非情で冷酷な性格。

氷月の右腕。小道具の扱いに長けており、器用。体操選手の柔軟な身のこなしで、女忍者（くのいち）の様な働きができる。戦闘タイプではないが氷月の狂信者で彼のためなら人の命でも奪う覚悟がある。